Morning Musume появились в результате прослушивания 1997 года в рамках ТВ шоу "Asayan", на котором искали женский рок вокал для группы Sharam Q Tsunku. Победительница прослушивания Heike Michiyo стала позже сольной исполнительницей в Hello!Project. Вскоре после прослушивания Tsunku решил создать группу из пятерых лучших участниц прослушивания: Yuko Nakazawa, Kaori Iida, Aya Ishiuro, Natsumi Abe и Asuka Fukada.
Tsunku дал девушкам задание, чтобы доказать, что они чего-то стоят - продать 50 000 копий своего демо сингла Ai no tane за пять дней. Удивительно, но группа уложилась в 4, и Tsunku теперь не оставалось ничего другого, кроме как создать группу, ставшую самым известным девичьим коллективом за всю историю Японии, а пока что они начали заниматься вокалом и танцами.
В начале 1998 года девушки были готовы дебютировать со своим первым официальным синглом Morning Coffee. В результате его успеха к ним присоединилось еще три участницы: Kei Yasuda, Mari Yaguchi и Sakayaka Ichii. Только с выходом третьего сингла Daite! HOLD ON ME Musume наконец-то попали на первую строчку чарта Oricon. Однако в это время из группы уходит ее лидер Yukp Nakazawa, собирающаяся заняться сольной карьерой.
Было проведено прослушивание, чтобы добавить к группе еще двух девушек, но в итоге присоединилась только одна - Maki Goto, которая стала самой молодой участницей, так как на тот момент ей было всего 13 лет. Успех их семнадцатого сингла LOVE Machine, а также появление Goto, невероятно увеличили популярность группы, сделав Maki любимицей большинства поклонников.
В 2000 группу покинула Aya Ishiguro, чтобы выйти замуж за Shinya, барабанщика LUNA SEA. В сокращенном составе Musume выпустили еще один сингл koi no Dance-Site, после чего было создано уже четвертое поколение коллектива со следующими участницами - Rika Ishikawa, Hitomi Yoshizawa, Nozomi Tsuji и Ai Kago. Опять участницы побили возрастной рекорд, на этот раз Tsuji и Kago было всего по 12 лет. В 2000 также появились группы Summer Shuffle Units, в рамках этого проекта все подопечные Hello!Project создавали временные команды, активные в течение одного сезона.
В качестве идолов они были необычайно успешны, готовясь сравниться с популярностью бывшей девичьей идол группы SPEED. В конце 2001 четверо девушек присоединились к пятому поколению группы по результатам прослушивания LOVE AUDITION 21: Ai Takahashi, Asami Konno, Makoto Ogawa и Risa Niigaki, в итоге в группе насчитывалось 13 участниц. Позже в 2002 Maki Goto попрощалась с проектом, кроме того состоялась массовая «перегруппировка» под-юнитов.
В начале 2003 пришли три новые девушки, появилось седьмое поколение группы. Новыми участницами стали Eri Kamei, Sayumi Michishige и Reina Tanaka. После успешного выступления на новогодней программе "Kōhaku Uta Gassen", во время которой несколько участниц группы танцевали на подтанцовке, Tsunku добавил Miki Fujimoto (которая изначально должна была стать сольной исполнительницей) в шестое поколение группы. Их дебютный концерт стал и последним для Kei Yasuda, после чего Tsunku заявил, что шестнадцать человек - это максимум для Morning Musume и больше уже не будет.
В 2003 Morning Musume разделили на две подгруппы, чтобы они могли объехать с туром большее количество городов (особенно маленьких, где вряд ли бы смогли принять всех 15 девушек) - Morning Musume Sakuragumi и Morning Musume Otomegumi.
Прослушивание участниц для седьмого поколения группы (названное «Счастливая 7-ка» в честь седьмого поколения, 7-летия существования группы и 7 городов, в которых оно проходило) состоялось в 2004 году, и по его результатам было отобрано 6 финалисток. Однако 9 января 2005 году Tsunku объявил, что никто из этих девушек не попадет в Morning Musume, добавив, что у него слишком высокая планка для новых участниц и он постарается найти настоящих козырей нового состава.
В феврале Tsunku организовал еще одно прослушивание. Он отметил, что все еще собирается найти настоящие таланты. В результате единственной «чудо» участницей нового поколения была выбрана Koharu Kusumi.
В апреле появились фотографии Mari Yaguchi вместе с неким актером. За день до того, как они должны были появиться в печати, Yaguchi объявила о своем уходе из Morning Musume и решении заняться сольной деятельностью. В своем заявлении она сказала, что из-за скандала и всей этой шумихи она больше не подходит под образ «идола», который соответствует Morning Musume. Второй лидер Hitomi Yoshizawa взяла на себя ее роль в группе, а Miki Fujimoto стала ее замом 15 июля 2005 г.
31 декабря 2005 года ранее покинувшие Morning Musume участницы Mari Yaguchi, Kaori Iida, Natsumi Abe, Yuko Nakazawa, Ai Kago, Nozomi Tsuji, Rika Ishikawa, Maki Goto и Kei Yasuda присоединились к текущему составу группы для исполнения знакового хита Love Machine на "Kouhaku Uta Gassen" 2005/2006, знаменитом вокальном соревновании на канале NHK.
В январе 2006 было объявлено, что Morning Musume получили награду Kanagawa Image Up Award в качестве признания промо-кампании Hello!Project против загрязнения окружающей среды. На получении награды группу представляли Yoshizawa Fujimoto и Takahashi.
В апреле Tsunku объявил, что Asami Konno и Makoto Ogawa покидают группу. В середине 2006 провели прослушивание участниц в восьмое поколение группы под названием "Morning Musume Happy 8 Audition". Прослушивание началось в августе и закончилось в октябре в Токио. 10 декабря 2006 было объявлено, что единственной новой участницей станет Aika Mitsui.
В начале 2007 в честь 10-летия Morning Musume появилась Morning Musume Tanjou 10 Nen Kinentai, группа состоящая из Kaori Iida, Natsumi Abe, Maki Goto, Risa Niigaki и Koharu Kusumi.
2 января 2007 на концерте Hello! Project's 2007 Winter было объявлено, что лидер группы Hitomi Yoshizawa покидает команду 6 мая, после весеннего тура Morning Musume.
Tsunku позже рассказал, что 15 марта к группе присоединятся Li Chun и Qian Lin, обе китаянки, они станут своеобразными «участницами по обмену» группы.
6 мая уходит Hitomi Yoshizawa, ее место занимаеи Miki Fujimoto, а замлидера становится Ai Takakashi. 1 июня Miki Fujimoto тоже покидает группу из-за скандальной информации, опубликованной в японском таблоиде, о ее отношениях с комиком Tomoharu Shoji. В октябре группа в усеченном составе отправилась в Корею в поддержку своего нового альбом в этой стране. Позже в этих же целях все девять человек отправились на Тайвань. 21 ноября вышел сингл Mikan, который стал самым неудачным за всю историю группы, в том числе он продавался хуже и первого инди сингла. Как обычно, год группа закончила выступлением на 58th NHK Kōhaku Uta Gassen.
2008 начался с объявления о выходе очередного сингла, но позже дата релиза была отложена из-за слишком напряженного концертного расписания группы. Чтобы не повторить предыдущий провал, сингл активно рекламировали, снимали на него всевозможные ролики и продвигали его всяческими другими способами. Было выпущено 5 версий клипа на одну песню, что тоже стало своеобразным рекордом. В мае состоялся концерт в Тайпее. Позже осенью был выпущен еще один сингл и запущено еще одно телевизионное шоу. 2008 стал первым годом, в течение которого не было никаких изменений в составе.
В марте 2009 выходит очередной альбом Morning Musume под названием Platinum 9 Disc, а на июль было заявлено выступление группы в Лос-Анджелесе в рамках Anime Expo, самого большого аниме конвента США. Будем надеяться, что и у европейских поклонников группы вскоре появится возможность побывать на их концерте.
