Toyoda Kazutaka ja Matsuoka Mitsuru olivat jo soittaneet muutamassa yhtyeessä yhdessä, ennen kuin he perustivat uuden projektin alkukeväästä 1994. Aiempi bändi Rose Noir oli lopettanut virallisesti vasta saman vuoden alussa.
Kaksikon lisäksi SOPHIAn perustajajäseniin lukeutui Miyako Keiichi. Kesällä 2004 kokoonpano täydentyi Kuroyanagi Yoshiolla ja Akamatsu Yoshitomolla, ja niin SOPHIA oli valmis aloittamaan uransa. Ensimmäisen kerran yhtye esiintyi Kawasaki Club CITTAlla Tokiossa 26. heinäkuuta, ja vuoden lopussa se soitti ensimmäisen oneman-konserttinsa Shinjuku LOFTilla.
Ensimmäinen julkaisu SOPHIA ilmestyi vuoden 1995 alussa, ja tätä hetkeä yhtye ymmärrettävästi pitää varsinaisena debyyttinään. Kyseinen minialbumi ilmestyi TOY'S FACTORY -levy-yhtiön kautta, joka oli jo aiemmin huomioinut Rose Noir’n useamman bändin tuotantoa esittelevällä EMERGENCY EXPRESS'94 -julkaisullaan. Vielä samana vuonna SOPHIA toi kauppoihin peräti kaksi uutta minialbumia: BOYS julkaistiin 2. lokakuuta ja GIRLS vain kuukautta myöhemmin, 1. marraskuuta.
Yhtye jatkoi ahkerasti uusien kappaleiden tekoa, ja vuonna 1996 ilmestyivät singlet Himawari ja Early Summer Rain sekä minialbumi Kiss the Future. Lukuisat konsertit ja kotimaan kiertue pitivät SOPHIAn kiireisenä, mutta kolmas single Believe saapui kuitenkin fanien saataville 11. marraskuuta.
23. huhtikuuta 1997 julkaistiin vihdoin SOPHIAn ensimmäinen kokopitkä little circus, jolta löytyvä kappale machi nousi yhdeksi yhtyeen varhaisvuosien suurimmista hiteistä ja päätyi lopulta myös Breath of Fire II -nimiseen Playstation-roolipeliin. Saman vuoden syyskuussa ilmestyi philosophy - I -VHS, joka sisälsi musiikkivideoita yhtyeen ensimmäisten julkaisujen kappaleista. philosophy - II, joka seurasi vain kaksi kuukautta edeltäjänsä perässä, kuvattiin TOUR'97「Circus」 -kiertueen päätöskonsertissa Budokanilla. Se oli SOPHIAn ensimmäinen julkaistu keikkataltiointi.
Vuosi little circus -albumin jälkeen SOPHIA julkaisi gokigen tori ~crawler is crazy~ -singlen, joka lupaili toisen kokopitkän albumin ilmestymistä. Toukokuussa odotus palkittiin, kun yleisölle esiteltiin 13 raitaa sisältävä ALIVE. Jälleen kerran käyntiin polkaistiin uusi kiertue, ja kaksi uutta philosophy-sarjaan kuuluvaa osaa julkaistiin VHS:llä.
SOPHIA kasvatti suosiotaan varsin nopeasti, ja elokuussa 1999, julkaistuaan huhtikuussa kolmannen kokopitkän albuminsa, se esiintyi 30 000 ihmiselle Showa Kinen Parkissa Tachikawan kaupunginosassa Tokiossa. Saman vuoden joulukuussa julkaistu single OAR äänitettiin Lontoossa Tim Youngin johdolla. Isossa-Britanniassa kuvattiin myös kappaleen musiikkivideo sekä julkaisun kansitaide.
SOPHIA juhlisti vuosituhannen vaihtumista julkaisemalla 1. tammikuuta 2000 live-kappaleita sekä VHS-muotoisen keikkataltioinnin sisältävän albumin, joka kantoi nimeä 1999. Yhtyeen maine kiiri myös ulkomaille, ja ensimmäinen Japanin ulkopuolinen konsertti pidettiin Hongkongissa elokuussa 2000.
Vuosi 2001 oli julkaisujen juhlaa: shinkaron ~GOOD MORNING! -HELLO! 21st-CENTURY~ viitoitti tietä maaliskuussa ilmestyneelle Shinkaron -albumille, ja uudet singlet KURUKURU ja STRAWBERRY & LION seurasivat kesä- ja syyskuussa. Joulukuussa puolestaan ilmestyi kaksi best of -albumia, joista THE SHORT HAND (= kellon lyhyt viisari) sisälsi singlekappaleet ja THE LONG HAND (= pitkä viisari) kokosi yhteen jäsenten omat valinnat.
Kahtena seuraavana vuonna yhtye julkaisi muun muassa singlet HARD WORKER, ROCK STAR, mada minu keshiki ja riyuu naki New Days. Heinäkuussa vuonna 2003 ilmestynyttä -boku wa koko ni iru- -singleä käytettiin Kaleido Star -nimisen animen toisena lopetuskappaleena, ja viimeistään se takasi suosion syyskuussa ilmestyneelle Yume-albumille.
Vuonna 2004 SOPHIA vaihtoi levy-yhtiönsä Toshiba-EMIin. Ensimmäinen julkaisu uuden yhtiön kautta oli mielenkiintoinen kolmen rajoitetun singlen (tabi no tochuu, please, please ja hana wa karete Mata saku, kunkin painosmäärä 30 000 kappaletta) setti, jonka rantatunnelmia kannessaan kuvanneet osat ilmestyivät viikon välein. Jokaisella singlellä oli yhden kappaleen lisäksi PC-yhteensopivassa CD-extra-muodossa runsaasti lisukkeita. Koko setin keränneet pääsivät elokuussa järjestettyyn erikoiskonserttiin. Esiintyminen oli suuri menestys, ja fanien määrä lähenteli 30 000:n maksimia. Konsertin jälkeenkään SOPHIA ei tyytynyt lepäilemään vaan julkaisi syyskuun puolivälissä yhdeksännen albuminsa EVERBLUEn.
Vuoden 2005 heinäkuussa julkaistun one summer dayn B-puolena toimi cover Edith Piafin ranskankielisestä kappaleesta HYMNE A L'AMOUR. Marraskuussa yhtye juhlisti uraansa 10th ANNIVERSARY BEST -albumilla, jonka kappaleet valittiin faniäänestyksen tulosten pohjalta. Lisäksi vuoden lopussa ilmestynyt philosophy VII -DVD ilahdutti faneja sisältämällä ennen julkaisematonta materiaalia TOY'S FACTORY -ajalta.
SOPHIA jatkoi julkaisemista tuttuun tahtiinsa, ja vuonna 2006 We kohtasi yleisönsä. Sen sisältämät kappaleet olivat melkein poikkeuksetta uusia. Albumi ilmestyi kahtena eri versiona, joista rajoitetun mukana tuli vuoden 2004 Santo Monogatari -kiertueen konserteissa kuvattua materiaalia. We juhlisti SOPHIAn 11-vuotista uraa musiikin parissa. Julkaisun jälkeen alkoi totuttuun tapaan kiertue, joka myös taltioitiin SOPHIA TOUR 2006 “W+e” -DVD:lle. Lisäksi bändin laulaja Matsuoka vieraili joulukuussa 2006 Rovaniemellä yhdessä innokkaiden faniensa kanssa – kyseessä oli koko SOPHIAnkin suosima tapa järjestää faniklubimatkoja kiintoisiin maailmankolkkiin.
Syyskuussa 2007 SOPHIA julkaisi mielenkiintoisen maxi-singlen Aozora no kakeran, jonka musiikkivideolla nähdään Matsuokan ohella laulamassa yhtyeen faneja. Kappaleen melodia on tuttu bändin vuonna 2005 tekemästä coverista HYMNE A L'AMOURista, mutta siihen on kirjoitettu uudet, japaninkieliset sanat. Vuoden loppupuoliskolla ilmestyivät myös 2007-albumi sekä SOPHIA LIVE 2007 Starlight.Yokohama -DVD.
SOPHIA TOUR 2008 "BAND AGE" -kiertue polkaistiin käyntiin 23. lokakuuta 2008, ja se päättyi 14. joulukuuta Tokyo Dome City Hallissa pidettyyn konserttiin. Kiertueen nimessä esiintynyt BAND AGE -albumi julkaistiin kuitenkin vasta vuoden 2009 kesäkuussa Universal Music Japanin kautta.
Viidentoista vuoden laadukkaan ja tasaisen uran jälkeen SOPHIAa ja sen faneja ravisutti maaliskuussa 2010 Miyako Keiichin ilmoitus, jossa kosketinsoittaja kertoi, että hänellä on todettu imusolmukesyöpä. Huhtikuussa yhtye ilmoitti tauostaan. Toistaiseksi viimeiseksi julkaisuksi jäi 15-nimeä kantava self-cover-juhla-albumi.
Yhtye ei kuitenkaan pysynyt tauolla muutamaa kuukautta pidempään vaan esiintyi kvartettina Anime Expo -tapahtumassa heinäkuun 3. päivä. Konsertti oli SOPHIAn ensimmäinen Aasian ulkopuolella.
Anime Expon jälkeen bändin hiljaiselo jatkui, kunnes Miyako vihdoin joulukuussa 2010 ilmoitti leikkauksen ja lääkehoitojen onnistuneen palauttamaan hänen terveydentilansa normaaliksi. Vaikka kosketinsoittajan palaaminen takaisin musiikin pariin oli näin ollen varmistunut, SOPHIA päätti taukonsa virallisesti vasta elokuussa 2011 soittamalla konsertin Nippon Budokanilla.
Tauosta huolimatta 19. tammikuuta 2011 SOPHIAlta ilmestyi peräti neljä julkaisua. ALL SINGLES [A] sisälsi nimensä mukaisesti kaikki yhtyeen julkaistut singlet, ALL B-SIDE [B] puolestaan kaikki singlejen B-puolilla julkaistut kappaleet. ALL 1995~2010 keräsi edellä mainitut levyt kokoelmaksi, jossa on yhteensä 65 raitaa viidelle eri levylle jaettuna. Ikään kuin julkaisuja ei olisi jo ollut yhdelle päivälle tarpeeksi, yhtyeen musiikkivideoita vuodesta 2005 vuoteen 2010 sisältävä philosophy - VIII ilmestyi samaan aikaan edellä mainittujen kokoelmien kanssa.
Ennen kesää SOPHIA vaihtoi toistamiseen levy-yhtiötä, ja Matsuokan tähdittämän Kamen Rider Eternal -elokuvan tunnusmusiikkinakin kuultu cod-E ~E no angou~ julkaistiin Avex Traxin kautta. Lokakuussa yhtye esiintyi V-Rock Festival 2011 -tapahtumassa Saitama Super Arenalla.
Vuosi 2012 oli menneisiin vuosiin verrattuna julkaisujen osalta vaisu. Singlet rainbow rain / Sayonara itoshi no Peter Pan syndrome ja Gekko / I will kuitenkin kertoivat, ettei SOPHIA suinkaan ollut lopettanut toimintaansa.
SOPHIAn 17. albumi Mirai otona sengen julkaistiin 6. maaliskuuta 2013.
Mielenkiintoisena faktana mainittakoon, että SOPHIA on ollut yhteistyössä sarjakuvaryhmä Garage Salen kanssa. Projekti kulki ovelalla nimiristeytyksellä Gaphia.
SOPHIAn laulaja Matsuoka on näytellyt muutamassa TV-draamassa, ja onpa mies nähty teatterin lavallakin – hänen luultavasti haastavin projektinsa tällä saralla oli Glen Walfordin ohjaama japanilainen versio Titanic-musikaalista vuonna 2007. Musikaalissa Matsuoka esitti Thomas Andrewsiä. Vuonna 2012 Matsuoka puolestaan tähditti Ayano Kanamin ja Takarada Akiran kanssa Tom Jonesin huippusuosittuun tarinaan perustuvaa The Fantasticks -musikaalia.
Matsuoka on tehnyt merkittäviä rooleja myös elokuvissa: vuonna 2002 mies esitti pääosaa Kawamura Kensuken scifi-elokuvassa Music of Remembrance - GB. Lisäksi laulaja nähtiin valkokankaalla Kamen Rider W Forever: A to Z/The Gaia Memories of Fate -elokuvan pääpahiksena vuonna 2010. Elokuvan lehdistötilaisuudessa Matsuoka kertoi haluavansa tehdä lisää vastaavia projekteja. Toive toteutuikin, kun noin vuotta myöhemmin julkaistiin elokuva Kamen Rider Eternal, joka keskittyy kokonaan Matsuokan esittämään hahmoon ja kertoo takautumina hänen tarinansa.
Siviilielämässään Matsuoka on naimisissa politiikkaan päätyneen Kurosawa Yuun kanssa. Yuu on suoraa sukua kuuluisalle elokuvaohjaajalle Kurosawa Akiralle.
