MONO powstało w 1999 roku w Tokio z inicjatywy gitarzysty Takaakiry "Taki" Goto , który do projektu zwerbował swojego wieloletniego przyjaciela Yodę na pozycję drugiego gitarzysty. Do końca roku dołączyli do nich perkusista Takada oraz basistka Tamaki, uzupełniając skład zespołu, który od tamtej pory pozostał niezmieniony.
W styczniu 2000 roku MONO zagrali swój pierwszy koncert, po czym skupili się na pracy nad pierwszy minialbumem. Hey, You ukazał się we wrześniu nakładem ich własnej, niezależnej wytwórni Forty-4. W listopadzie tego samego roku po raz pierwszy wystąpili za granicą, dając koncert w nowojorskim Mercury Lounge. W Europie zadebiutowali kilka miesięcy później koncertem w Szwecji, a w marcu 2001 wzięli udział na słynnym festiwalu South by Southwest (SXSW) w Teksasie. Chociaż następne miesiące spędzili w trasie, w listopadzie 2001 roku wyszedł ich pierwszy album Under the papal tree. Proces nagrywania nadzorował John Zorn, który wydał płytę w swojej nowojorskiej wytwórni Tzadik Records. Koncertując przez pierwszą połowę 2002 roku, MONO udało się zebrać materiał na drugi album One Step More and You Die, którego premiera odbyła się 2 października. Rok 2003 upłynął grupie na trasie promocyjnej; wystąpiła nie tylko w Japonii i USA, ale też po raz pierwszy w Kanadzie i wielu krajach europejskich.
W styczniu 2004, przy okazji prac nad trzecim albumem, muzycy zapoczątkowali stałą współpracę ze słynnym producentem Steve'em Albinim oraz wytwórnią Temporary Residence Limited, obecnym wydawcą MONO. Walking Cloud and Deep Red Sky, Flag Fluttered and the Sun Shined ukazało się 14 kwietnia 2004 roku, a zespół wyruszył w roczną trasę po USA, Azji i Europie, w ramach której po raz pierwszy zawitał do Polski w czerwcu. Był to pierwszy z 6 koncertów, jakie u nas dotychczas zagrali, następne odbyły się w latach 2006, 2009 i 2010.
Rok 2005 był bogaty pod względem współpracy z innymi artystami. Powstały dwa split albumy: pierwszy z japońskim zespołem World's End Girlfriend i zatytułowany Palmless Prayer/Mass Murder Refrain, a drugi to wydany tylko na winylu Pelican / Mono, efekt kolaboracji z amerykańskim zespołem Pelican.
Czwarty pełnoprawny album MONO, You are there z 2006 roku, ukazał się nie tylko w Japonii, Europie i USA, ale też w Korei Południowej. Podobnie, jak w przypadku poprzedniej płyty, produkcją zajął się Albini, a całość nagrano w Chicago. Lata 2006-2007 to czas niezwykle intensywnej trasy koncertowej po Azji, Ameryce Północnej i Europie (w listopadzie 2006 grupa znowu odwiedziła Polskę). Jedyne nowe wydawnictwa z tego okresu to minialbum The Phoenix Tree i singiel Memorie dal Futuro. W 2007 roku zespół wydał swoje pierwsze DVD The Sky Remains The Same As Ever oraz kompilację Gone: A Collection of EPs 2000–2007, na której pojawiły się piosenki z minialbumów oraz przeróżnych składanek, na których MONO się do tej pory udzielało.
W 2008 roku zespół zrobił sobie roczną przerwę, jednak nawet wtedy zagrał kilka wybranych koncertów, a wolny czas wykorzystał na pisanie nowego materiału. W marcu 2009 światło dzienne ujrzał piąty album MONO, Hymn to the Immortal Wind, trzeci już z kolei efekt współpracy z Albinim. Zaplanowany jako album koncepcyjny, został nagrany przy użyciu 28-osobowej orkiestry. Zebrał rewelacyjne recenzje, a całość promował teledysk Follow the Map. 8 maja 2009 roku z okazji 10 rocznicy istnienia MONO zagrało koncert w Nowym Jorku przy akompaniamencie Wordless Music Orchestra, który wydano rok później jako album koncertowy i DVD pod tytułem Holy Ground: NYC Live With The Wordless Music Orchestra.
Od lutego do kwietnia 2010 grupa zagrała ponad 30 koncertów w Europie, a pozostałą część roku spędziła w Japonii. Chociaż zespół nie zapowiedział na razie żadnego nowego wydawnictwa, w marcu 2011 roku ogłoszono nową trasę po Azji i Europie, która rozpocznie się pod koniec kwietnia i potrwa do czerwca. W jej ramach po pierwszy w Europie MONO zagra razem z The Holy Ground Orchestra.
