Le groupe est formé par Shin en 2000, avec l'idée de combiner l'âme de la musique traditionnelle japonaise avec le son moderne occidental. Le groupe est aussi composé de Mai (basse), Yuta (drums), Ajo (wadaiko), u-ky (koto), Nan-Zan (shakuhachi) et Atushi (guitare).
En 2001, leur premier album Darkends se classe No.1 sur le Top Metal Chart du site MP3.COM, devant Deftones, Marilyn Manson et Slipknot. Grâce à la couverture mondiale de MP3.COM, la popularité de HeavensDust s'étend à l'Amérique et à l'Europe. Il joue en première partie de nombreux groupes connus.
En 2003, le label japonais Cloud Nine Records sort le DVD Tokyo Party Nights 2003. HeavensDust apparaît dans un petit film sur ce DVD, sa musique est aussi inclue dans le soundtrack.
En 2004, le groupe se classe premier dans le Weekly Top 10 de la radio Internet Chronix Aggression avec Cage, puis troisième avec Falling to Decay devant Korn et Linkin Park.
En 2005, le troisième album de HeavensDust, Higher Than Heaven, Louder Than God sort mondialement. La formation tourne avec l'un des plus prestigieux groupes de metal japonais Yamaarashi. Elle apparaît également dans quelques magazines musicaux. Pendant ce temps, de nombreux sites de part le monde font l'éloge de ce troisième album, tout comme les groupes Insolence et Evans Blue.
En 2006, HeavensDust apparaît sur le soundtrack DIVIDE produit par Tujioka Masato. Le groupe se classe également No.7 sur le Top 100 d'iTunes. La chanson Before I Die est alors diffusée sur MTV-Japan, lui permettant par la même occasion de gagner de plus en plus de popularité au Japon.
Début 2007, les membres ont fini d'enregistrer le nouvel album Without A Voice lequel est plus rock et plus mélodique que Higher Than heaven, Louder Than God. Cependant, les compositions sont toujours lourdes et des parties vocales féminines sont ajoutées. Ce quatrième opus donne quelque chose de plus intense que les trois précédentes sorties. Cinq chansons de cet album sont disponibles en écoute : une sur la partie cachée du site "Insanity (Everything I See)", les autres sur le MySpace du groupe. Mai 2007, la bassiste Mai quitte le groupe à cause de son bébé, qui prend une part importante dans sa vie. Le groupe est dès lors transformé avec un changement dans le line-up : Okaji (batterie), Zen (basse) et Hisashi (guitare).
En juillet 2008, alors que HeavensDust travaille sur un album remix, Shinsaku annonce via le MySpace du groupe un contrat avec le label américain du nom de Hensley Music Group. Cette nouvelle a quelques répercussions sur le line-up du groupe puisqu'Ajo, Hisashi et Nan-Zan décident de quitter la formation lorsque HeavensDust s'installe pour un temps aux États-Unis afin de faire valoir son contrat et promouvoir au mieux le groupe sur ce continent. Hideki prendra alors la place du guitariste, rejoint par Take, joueur de tambour japonais (Taiko) et Dai, joueur de flûte japonaise (Shinsaku).
En juin 2009 c'est au tour de Kazha, qui avait rejoint le groupe en 2006, d'annoncer son départ, laissant à Shin la responsabilité complète du chant. Peu après, le MySpace du groupe affiche le nom d'un nouveau bassiste, HAL et d'un nouveau guitariste, 5hiNo', tandis que les noms de Zen et Hideki ont disparu sans laisser de trace. Jusqu'au prochain changement, cela reste le noyau du groupe autour duquel gravite des musiciens divers, présents lors des performances live.
Les activités du groupe continuent lentement mais sûrement. En 2010 un nouveau mini-album, To All The Things I've Lost sort sur iTunes tandis que la formation est maintenant composée de six membres avec le retour d'Ajo. En 2011, HAL décide de partir pour former son propre groupe, Diana tandis que Kyoshi le remplace à la basse tout en apportant avec lui ses talents de joueur de Koto. En December, la préparation d'un nouvel album est annoncé via twitter.
