Brain Hacker s'est formé en mars 2002 par Kazune (un ancien membre de session de Malice Mizer qui plus tard jouera dans May Breeze) et Masashi (ex. D-SHADE). Deux mois plus tard, ils seront rejoints par Seiji (principalement connu pour avoir fait parti de Amadeus), mais il leur manque toujours un guitariste et un bassiste. Enfin, en décembre, le groupe embauche deux membres de session, Nobu (ex. Antique Doll) et Yossy. Le groupe complet, Brain Hacker commença à se produire en concert.
En avril 2003, Yossy devient un membre officiel, et Nobu le suit en mai. Le 11 août, Brain Hacker sort son premier album, intitulé : hΨ＝０. Malheureusement, la joie fut de courte durée car en octobre, Masashi quitte le groupe. La place libre est occupée par un batteur de session, KOHSKE. Peu avant la fin 2003, Brain Hacker parvient à sortir un maxi single, Coin/charisma qui est distribué gratuitement pendant un live le 30 décembre.
Après plus de six mois de silence, Brain Hacker attaque de nouveau en sortant, le 27 juillet 2004, son premier mini-album. Tsunagareta hitomi no nakano kioku fut à la hauteur de l'attente. Le groupe commence à se produire de plus en plus en concert, et le 12 novembre, sort deux nouveaux CD - un mini-album dokkiri horror show et une réédition de hΨ＝０ avec un livret de 16 pages au format A4.
2005 fut une année calme pour Brain Hacker. qui n'a rien sorti jusqu'à présent. Cependant, les membres ont à nouveau changé d'image et continuent à se produire en live. Leurs projets futurs seront probablement bientôt dévoilés...
Alors que chacun s'occupe de ses propres projets, comme Seiji qui contribue à celui en solo d'HIZAKI, c'est sans surprise que le groupe annonce sa séparation début 2007. Un dernier concert a lieu le 19 janvier (au Meguro Rock May Kan), puis à la fin de l'année un nouveau batteur est recruté : Art Cube est né.
