Morning Musumes Geschichte beginnt weit vor der eigentlichen Band im Jahre 1997. Tsunku, der als Sänger und Produzent von Sharan-Q fungierte, begann ein Casting in der japanischen Show "Asayan", in der eine Rocksängerin gesucht wurde. Michiyo Heike gewann, doch entgegen Tsunkus Hoffnungen brachten ihre Platten nicht den gewünschten Erfolg. Er wollte seinen Plan jedoch nicht vollkommen aufgeben und versprach fünf Mädchen, die ebenfalls am Casting teilgenommen hatten, sie zu großen Stars zu machen.. unter einer Bedingung: Ihre Debut-Scheibe "Ai no Tane" müsse sich in der ersten Woche 50.000 Mal verkaufen.
Dies gelang und Tsunku wurde ihr Produzent, womit er sein Versprechen einhielt. Natsumi Abe, Asuka Fukuda, Kaori Iida, Aya Ishiguro und Yuko Nakazawa wurden so im Januar 1998 zu Morning Musume. Nun bestimmte hartes Training den Alltag der Mädchen.
Im Januar 1998 veröffentlichten sie ihre erste Single unter dem Namen Morning Coffee, die es auch gleich Platz 6 in die japanischen Pop Charts schaffte. Kurzentschlossen brachte Tsunku 3 neue Mitglieder in die Gruppe: Mari Yaguchi, Kei Yasuda, und Sayaka Ichii.
Morning Musumes CD's wurden immer höher in den Charts platziert, bis es ihre 3. Single Daite! Hold on me endlich auf den ersten Platz brachte.
Im selben Jahr, Mai, um genau zu sein, gründete sich auch die erste Untergruppe von Morning Musume, nämlich Tanpopo. Diese bestand aus Kaoru Iida, Mari Yaguchi und Aya Ishiguro. Allmählich waren nun die Umrisse des Hello! Project von Tsunku zu erkennen.
Asuka Fukuda beschloss im Januar 1999 die Gruppe zu verlassen, damit sie sich ihrer Schulausbildung widmen konnte. Tsunku hielt also erneut Castings ab und fand die junge Maki Goto. Wenig später landeten Morning Musume mit ihrer Single Love Machine einen Volltreffer, denn diese verkaufte sich über 1 Million mal und lag 3 Wochen lag auf Platz 1 der Charts.
Die nächste Subgroup Pucchi-Moni erschien im Jahr 1999, in denen sich Kei Yasuda, Sayaka Ichii und Maki Goto wiederfanden. Im Januar 2000 verließ Aya Ishiguro Morning Musume und heiratete im Mai selben Jahres Luna Seas Schlagzeuger.
Nun folgten wieder Castings und die neuen Mitglieder waren Nozomi Tsuji, Rika Ishikawa, Hitomi Yoshizawa und Ai Kago.
Im Sommer 2000 verließ Sayaka Ichii die Gruppe und 2001 entstand Mini Moni. Die Mitglieder waren Ai Kago, Mari Yaguchi, Ai Takahashi und Nozomi Tsuji.
Yuko Nakazawa verließ Morning Musume im Mai. Nun folgten erneute Castings und die Mitglieder wurden Risa Niigaki, Asami Konno, Makoto Ogawa und Ai Takahashi.
Maki Goto verließ 2000 Morning Musume und im April 2003 verließ Kei Yasuda die Gruppe. Im Januar hatte Tsunku erneut Castings abgehalten und die Mädchen Eri Kamei, Sayumi Michishige und Reina Tanaka als Neuzugang für MM ausgewählt. Außerdem wurde zum ersten Mal eine Solosängerin, nämlich Miki Fujimoto, in die Band aufgenommen.
Natsumi Abe verließ Morning Musume im Januar 04 und kurz darauf im August traten auch Nozomi Tsuji und Ai Kago aus, die aber weiterhin im Label Hello! Project under W arbeiteten. Im Januar 2005 verließ außerdem Karo Iida die Gruppe, nun waren sämtliche Mitglieder aus der ersten Generation ausgetreten.
Am 14.04.2005 wurde bekannt gegeben, dass Mari Yaguchi beschlossen hat auf der Stelle aus Morning Musume auszutreten. Es wurden Fotos von ihr und ihrem Freund veröffentlicht. Mari war angeblich der Ansicht, dass sie so die Verantwortung als Anführerin von Morning Musume. nicht mehr übernehmen könne und so wurde Hitomi Yoshizawa die neue Anführerin. Mari Yaguchi arbeitet jedoch an einer Solokarriere. Es wird gemunkelt, sie musste die Gruppe verlassen, weil sie langsam schlicht und einfach zu alt geworden sei.
Am 15. Mai verließ nun auch Rika Ishikawa die Band. Die Single Osaka Koi no Uta schaffte es nun auf den ersten Platz der japanischen Charts, da es so einen Erfolg das letzte Mal vor zwei Jahren gab, scheint es, als hätten die letzten Ereignisse Morning Musume einen höheren Beliebtheitsgrad verliehen.
In 2006 wurde Koharu Kusumi das einzige neue Mitglied für Morning Musume und wenig später traten Asami Konno und Makoto Ogawa aus der Gruppe aus.
Hitomi Yoshizawa verließ Morning Musume am 6. Mai 2007. Desweiteren werden Li Chan und Qian Lin, beides Mädchen aus China, die 8. Generation der Mitglieder von Morning Musume bilden.
