O eX-Girl foi fundado em 1997 por Chihiro, Kirilo e Fuzuki. Apesar da falta de experiência das componentes da banda, sua carreira começou rapidamente, com turnês e o lançamento de seu álbum de estréia em seu primeiro ano de existência, tudo sob a tutela do famoso produtor e tecladista Hoppy Kamiyama. Depois disso a banda fez seu primeiro show nos Estados Unidos.
Porém, a conquista dos Estados Unidos começou em 1999, quando a banda se apresentou no festival SXSW (South by Southwest), em Austin, Texas. Nessa época a Virgin Mega Store e a Tower Records notou o eX-Girl e promoveu o álbum Kero! Kero! Kero!.
O álbum a capella Big When Far, Small When Close foi lançado em 2000 pela gravadora de Kirilo, a Kikipoo Records. Ao mesmo tempo o eX-Girl lançou seu álbum anterior na Europa, o que fez com que a banda saísse em turnê pelo continente pela primeira vez. Em julho, elas fizeram uma turnê com o Fantomas, com a ajuda de Mike Patton (Faith No More). Elas se apresentaram na Finlândia de outubro a novembro.
A banda voltou à Europa em 2001, se apresentando em eventos como o Roskilde Festival, na Dinamarca. No final do ano elas passaram por sua primeira mudança de formação, com a saída de Chihiro e a entrada de Keiko (ex-SUPER JUNKY MONKEY) como guitarrista. Antes da mudança, porém, as componentes da formação original fizeram o projeto PUNK LADY, no qual fizeram covers dos maiores hits da dupla PINK LADY.
O eX-Girl saiu em turnê pela Finlândia com a nova formação em 2002, antes de ter a oportunidade de apoiar o Siouxsie & The Banshees em suas turnês pelos Estados Unidos e Reino Unido. Isso, é claro, afetou positivamente sua popularidade.
Infelizmente, mais uma mudança de formação aconteceu. A baterista Fuzuki deixou o eX-Girl em 2003, sendo substituída por Chapple. Kirilo mudou seu nome para Kirilola, e Keiko mudou o seu para Keikos. A gravadora americana Alternative Tentacles Records lançou seu álbum seguinte, Endangered Species, no qual a banda usou outra guitarrista, Zorek - até a volta de Keiko e pouco antes de outra troca de bateristas.
A banda continuou se apresentando, inclusive com turnês nos Estados Unidos, mas o tempo trouxe mais mudanças. No início de 2006, Kirilola trocou o baixo pela guitarra, e Laan Zukioh entrou como a nova baixista. Mais tarde, no verão, Bonb-Chu preencheu a posição de baterista. Com essa nova formação, a banda deu início à sua nova turnê mundial em outubro de 2006.
O único membro original da banda, Kirilola tem hoje diversos projetos musicais paralelos. Entre outros, ela participou dos projetos artísticos de Kamiyama, cantando, tocando e dançando, e, em 2004, lançou música espiritual curativa pelo projeto Akasau. Esse álbum foi feito com vários outros músicos, sendo o principal dele Renge, que toca sinos tradicionais japoneses.
