I Melt-Banana hanno iniziato la loro attività nel 1991, anche se solo nel 1993 hanno deciso il loro nome. La line-up originale era formata dala vocalist e bassista Yako, Agata alla chitarra, la bassista Rika mm' e Toshiaki Sudoh alla batteria, che lasciò la band nel 1997. Il gruppo ebbe molti batteristi di supporto, ma quello attuale è Oshima.
Il loro primo album è stato registrato da Steve Albini nel suo vecchio studio di Chicago. Questo fu il vero passo in avanti sia nella scena giapponese che in quella estera. Dopo le registrazioni ebbero uno show a Chicago al Lounge Ax, il loro primo negli Stati Uniti, e furono ben accolti dal pubblico del posto.
Il secondo album fu registrato sempre da Albini e mixato da Jim O'Rourke a Chicago, dopodiche fecero un tour con Mr. Bungle. Secondo la vocalist Yako fu un'esperienza grandiosa per la band visto che ha permesso loro di parlare ogni sera con musicisti talentuosi, ma anche di suonare davanti a grandi folle.
L'estate del 2003 vide i Melt-Banana nel loro ottavo tour americano: MELT-BANANA "cell-scape" US Tour 2003. Durante quel tour, il 3 Luglio, la band pubblicò il suo quinto album, cell-scape, con la A-ZAP Records. Come i precedenti due album, fu registrato a Tokyo e prodotto dai Melt-Banana stessi.
Seguì il loro quarto tour europeo: MELT-BANANA "cell-scape" Euro tour. Durante quel tour la band suonò con uno dei loro batteristi preferiti, Dave Witte dei Burnt by the Sun. Molto spesso, quando i Melt-Banana vengono in tour in Europa, vanno nel Regno Unito e sono invitati allo studio Media Vale per essere nel John Peel show. Da quel quarto tour europeo hanno pubblicato quattro album più una riedizione di una cassetta, un album live, diciannove EP e molte compilation.
Da allora i Melt-Banana hanno continuato ad essere attivi pubblicando album e lavorando all'estero. A Maggio 2005 il gruppo pubblicò un'impressionante collezione di singoli da 56 tracce, intitolata 13 Hedgehogs. Quell'inverno tornarono in Europa, suonando in Germania, Paesi Bassi, Danimarca, Svezia, Svizzera ed Austria durante il tour The 13 Hedgehogs Europe Tour 2005.
Il 2007 fu un anno che portò nuovi brani ai fan quando ad Aprile venne messo in vendita Bambi's Dilemma, il loro sesto album. Da Ottobre a Dicembre tornarono negli Stati Uniti e si esibirono in tutta la nazione nel tour Bambi's Revenge Tour USA 2007.
Nell'Aprile del 2008 i Melt-Banana ebbero un breve tour di nuovo in America, questa volta con Lou Reed, e si avventurarono anche in Messico per uno show unico a Città del Messico. In seguito si sono imbarcati nel loro Bambi's Dilemma Tour Europe 2008, che li ha portati in nove nazioni europee.
Gli ultimi due anni hanno visto i Melt-Banana esibirsi senza sosta: nel 2009 sono tornati per l'ennesima volta in America esibendosi da Ottobre a Dicembre. Così sta andando anche il 2010, con un tour europeo appena annunciato e che ha da poco preso il via tenendoli occupati fino a Ottobre. I fan attenderanno con ansia gli show e la musica di questo gruppo incredibile, ora arrivato ai primi venti anni di carriera ma evidentemente ancora in grado di andare avanti e crescere.
Non paragonabili ad altri gruppi, i Melt-Banana fanno parte di un genere tutto loro. Probabilmente si potrebbero definire il gruppo punk più complesso del mondo o semplicemente noisecore.
Fanno tour in continuazione in Europa e USA. Nel 2008 si sono anche esibiti in Messico.
