Yo-suke tornò cinque anni dopo, con dei nuovi musicisti e del nuovo materiale. Dopo la reunion suonarono molti concerti e ne aprirono uno degli ANIMETAL, ma l'unica release fu un demo, Screaming Tornado. La line-up, intanto, cambiava costantemente.
Nel 2003 arrivò il nuovo chitarrista, Takashi "King" Nakayama, con il quale pubblicarono un nuovo mini album, Tornado Eve. Una loro canzone fu inserita nella compilation Stand Proud III, la quale offrì loro l'opportunità di suonare una cover della leggendaria band metal tedesca Helloween, una delle loro maggiori influenze musicali. Nonostante il successo ottenuto, le loro attività diminuirono.
Hiroyuki O-Dachi divenne il bassista ufficiale della band alla fine del 2004, mentre la batteria passò a Chaly, l'ultimo arrivato. Il gruppo trascorse molto tempo in studio e scrisse nuove canzoni in vista dell'imminente uscita del primo album, prevista per il 2005. Yo-suke, Takashi e Daxchie lavorarono anche con altri musicisti per la canzone di "Counter Strike NEO - WHITE MEMORIES."
Dopo un concerto allo Shibuya On Air East, Takashi lasciò la band senza spiegazioni. Fu velocemente sostituito da Yu-ya, che avendo un contratto con la ESP Japan, inaugurò una nuova era per gli ATOMIC TORNADO. Le partecipazioni a grandi eventi, come il Rock In Japan Festival 2006, divennero più frequenti e la loro popolarità crebbe, dando loro la possibilità di firmare un contratto con la Yamaha. Il tanto atteso primo album, Tornado Eye, uscì a febbraio 2007, seguito da un tour nazionale.
Sembrava che il 2008 fosse cominciato bene per la band, ma in inverno fu annunciato che Yo-suke avrebbe lasciato la band. Tennero un ultimo oneman a Shibuya, il 28 dicembre, prima di sospendere le attività.
Non si sa se gli ATOMIC TORNADO troveranno un sostituto al fondatore o se rimarranno nel silezio. Per ora, i fan rimangono speranzosi.
